На денешен ден пред 26 години врз Глигоров беше извршен атентат, а оттогаш и покрај ветувања дека нарачателите и извршителите ќе бидат пронајдени, досега нема никакви конкретни резултати.

На 3 октомври 1995 година врз претседателот беше извршен неуспешен обид за атентат. Глигоров го преживеа атентатот со тешки повреди во пределот на главата.
На местото на атентатот загина неговиот возач Александар Спировски, а беше повреден телохранителот на Глигоров, Илчо Теовски. На повредите подоцна им подлегна и Ристо Хаџиманов, пензионер, кој бил случаен минувач покрај местото на настанот.

Нападот беше извршен со автомобил-бомба на 3 октомври во 9:50 часот на улицата „Македонија“ пред хотелот „Бристол” во Скопје, кога Глигоров со службено возило се движел од неговата резиденција до работното место во Собранието. Бомбата, поставена во автомобил АМИ 8, експлодираше кога автомобилот на претседателот поминувал покрај него.

Од силината на експлозијата, Цитроенот беше целосно распарчен, а делови од возилото се разлетале наоколу. Експлозивната направа е производство на ЈНА, а содржела еден килограм пластичен експлозив, со стотици челични топчиња кои имале смртоносно дејство во радиус од околу 50 метри. За обидот за атентат врз него, Глигоров напиша и автобиографска книга „Атентат – ден потоа“, што ја промовираше во 2002 година.

Во истрагата се претресени 30.850 возила и прегледани повеќе од 15.000 објекти, легитимирани биле повеќе од 188.000 лица, од кои 19.000 биле претресени. МВР извршило и повеќе информативни разговори со луѓе за кои сметало дека се можни сторители на атентатот, но сите тие биле пуштени по испрашувањата.

Глигоров почина од природна смрт на 94 годишна возраст на 1- ви јануари 2012 година.